铁皮石斛在中药配伍禁忌“十八反、十九畏”中恶寒水石、巴豆、畏僵蚕、雷丸。本品性属清润，清中有补，补中有清，故最宜于虚而有热者，凡虚而无火或实热证、舌苔厚腻、腹胀者均忌服。本品能敛邪气，使邪不外达，故温热病不宜早用，如感冒初起，邪重而正不虚，此时使用易造成“闭门留寇”；本品又能助湿邪，若湿温尚未化燥者忌服。

铁皮石斛的常用量干品为6～12g，鲜品15～30g。铁皮石斛的用法宜人煎剂、熬膏或入丸散，入煎剂复方宜先煎，一般宜先煎30min以上，单用需久煎。《中药大辞典》中记载：此物最耐久煮，一味浓煮，始有效力，若杂人群药中仅煮沸30~40min，其味尚未出也，现代研究也证明，石斛碱等内酯类生物碱只有经过先煎或久煎的水解产物才起治疗作用。